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曹魏和孙吴那边都挺忙，这种局面对蜀汉来说无疑是有利的。
作为先帝驾崩前指定的托孤大臣，诸葛亮承担起治国理政的大任，后主继位后他就在成都建立了丞相府，以此治理蜀汉。
关于诸葛亮开府的时间史书强调是在刘禅继位后，刘备驾崩前诸葛亮已经当了整整两年的蜀汉丞相，怎么现在才开府呢？难道刘备在世时诸葛亮没有自己的丞相府吗？
按照汉代制度三公以上均可开府，地位低于三公的官员经过特别批准也可开府，一般会加“仪比三司”这样的话，丞相开府当然没问题，曹操生前掌控大权靠的主要是他的丞相府。但是可以开不等于一定开，开府与不开府取决于需要，刘备在世时蜀汉一切大事都由刘备亲自决策，诸葛亮只是执行者，所以开不开府关系并不大。而且，刘备是在仓促间称帝的，称帝后又马上伐吴，有些事恐怕还顾不上来。
刘备东征期间诸葛亮留守后方，如果没有开府的话，他如何处理后方的日常事务呢？
刘备任命诸葛亮为丞相时还给了他一个“兼职”——录尚书事，也就是负责处理朝廷日常事务，张飞死后又让他兼任了司隶校尉，这两项职务应该才是诸葛亮最重要的工作。刘备东征期间有太子监国，朝政方面诸葛亮要随时向太子汇报，司隶校尉作为行政官虽然没有实际意义，但它还有监察百官的职责，刘备不在期间诸葛亮可以凭此监察蜀汉百官。
所以当时倒也没有必要组建一个丞相府，或者说即使有一个丞相府，也只是为诸葛亮履行职责服务的一个小的工作班子，绝不是蜀汉政权的核心。现在情况不同了，诸葛亮要组建一个完整的、规模庞大的丞相府，这个丞相府将成为蜀汉的权力中心。
处理完这些事，又经过一年多时间的准备，诸葛亮决定着手解决那件紧迫的事，向南中用兵。
对蜀汉来说当时最大的敌人不是曹魏，更不是孙吴，而是南中。南中之乱已经持续相当长的时间了，且有越来越严重的趋势，如果不果断出手，局面将更无法收拾。按照曹丕制定的战略，孙吴是当前曹魏的主攻目标，这为蜀汉创造了一个难得的“战略机遇期”，如果不趁此机会解决南中问题，将来无论曹魏打来还是孙吴发起了进攻，就再也没有能力去平乱了。
后主建兴三年（225）春天，诸葛亮提出了南征的想法，并决定亲自率兵前往。丞相府长史王连当时患了重病，听说丞相要亲征，他认为有些不妥。
王连抱病来见诸葛亮，向他建议道：“南中是不毛之地，疫疠之乡，不应当由丞相亲自讨伐，作这样的冒险之举。”王连不反对南征，反对的是诸葛亮亲征，诸葛亮目前是蜀汉的主心骨，如果长期不在成都的话，蜀汉能不能保持安定存在变数，所以不宜亲往。王连的话还有一层意思，那就是南中的情况很复杂，打胜了还好说，如果打败了或者虽未败却无功而返，诸葛亮的个人威望都将受到极大的挫伤。
对诸葛亮来说这当然是一个巨大的挑战和风险，尽管他在政治、外交上的才干已有目共睹，但在军事方面的能力还不为人所知，当初他曾指挥过三路大军入蜀，然而那还算不上一次真正意义上的大规模战役。现在诸葛亮在蜀汉的地位无人能比，如果只站在个人的角度看，他似乎并没有必要冒险去指挥一场战役来提高自己的声望。
诸葛亮可以派一名将领去征讨南中，比如赵云就是合适的人选，当年他率兵平复荆州的江南各郡，成绩很不错。但是，南中之战事关重大，必须倾蜀汉的全力去打赢这一仗，自己去无疑取胜的把握更大，所以不能因为避免让自己冒险而让整个国家去冒险。
诸葛亮感谢王连的好意，但仍决定亲自南征。大军出发前王连病故了，对诸葛亮来说这是一大损失。此次南征他要离开成都一段时间，后方不仅要保持安定，还要向前方提供强有力的保障和支持，丞相府长史这个角色很重要，诸葛亮选拔了任步兵校尉的向朗接替王连。
在诸葛亮身边的几位重要助手中，论资历和能力似乎张裔、杨洪、蒋琬都比向朗更合适。向朗早年师从司马徽，跟诸葛亮有同窗之谊，但诸葛亮选他来当丞相府的长史看中的倒不是这个，张裔等人固然更合适，但他们现在都另有重任。
张裔以俘虏的身份在孙吴待了一段时间，回来后被任命为丞相府参军，这是一个闲差，诸葛亮却没让他闲着，而让他管理丞相府的日常事务，同时兼管益州人事工作。张裔现在身兼军政两端，既了解诸葛亮的想法，又熟悉益州本地情况，起着别人无法替代的作用，此时不宜调动。
诸葛亮开府治事后又把杨洪调回蜀郡当太守，这个职务极为重要，掌管着成都的安危，地方一旦出现什么情况还得靠杨洪来稳定局面，也不宜变动。蒋琬的能力深为诸葛亮所欣赏，但不久前他的职务又有了新变动，诸葛亮把他从尚书台调到丞相府，由尚书郎升任丞相东曹掾，负责人事工作，此时也不宜再动。
诸葛亮着意培养的人还有杨仪、费祎、董允、马谡、邓芝等几位，在这几个人里杨仪似乎比向朗更合适一些，但他被刘备亲自贬降过，现在挂着一个弘农郡太守的空衔，孙权对杨仪也有过负面评价，这些影响到诸葛亮对他的安排，诸葛亮让杨仪以丞相府参军的身份随自己一起行动。
后主建兴三年（225）春天，刘禅诏准诸葛亮率众南征。
刘禅赐给诸葛亮金钺一具，曲盖一副，前后羽葆鼓吹各一部，虎贲60人，这些都属皇帝专用。曲盖、羽葆属于出行的车辆仪帐，虎贲是皇家警卫，而金钺不仅好看，而且象征皇帝的授权，比假节、持节级别更高，持此如皇帝本人亲临，可以任意诛杀大臣而不用必事先请示。
蜀汉的文武百官一直把诸葛亮送到成都郊外，大家回去了，还有一个人没走，他一直跟着诸葛亮前行。此人显然有话要说，但他特别能沉住气，走了数十里一直没吭声。
最后是诸葛亮倒忍不住了，对此人说：“咱们在一块共事多年，希望你能多提些良谋妙策。”见丞相催问，此人才慢慢说道：“南中依仗险远，长期以来不服我朝，即使现在把它攻破，后面还会继续反叛。将来明公如果倾国家之力去对付强贼曹魏，他们知道我们后方空虚，叛乱会来得更快。如果把他们全部杀了以绝后患，那又不符合仁义，而且这也不是仓促间可以做到的事。用兵之道，攻心为上、攻城为下，心战为上、兵战为下，希望明公能让他们心服！”
天下之事莫神于兵，莫巧于战，所以《孙子兵法》说“攻心为上，攻城为下”。心战胜于力战，但也难于力战，力战胜于一时，心战胜于长久。南中地处边陲，地域广大，长期以来都是南中各族的天下，在战场上打败他们或许容易，但要把这里牢牢守住就十分困难。此次南征如果一味用武，难免会杀戮过重，与南中各族的积怨不仅解不了，而且会越积越深，到那时即使军事上取得了成功，也难以保证南中的长治久安。所以，对此人提出的“心战”构想，诸葛亮十分赞成。
提出这个建议的人是丞相府参军马谡，作为马良的弟弟，马谡一直深得诸葛亮的器重，诸葛亮认为他很有才干，对问题有独到见解，所以丞相府组建后就把他调到了身边，平时遇到问题就征询他的意见。诸葛亮与马谡经常在一起交谈，有时从白天一直谈到深夜。
马谡此次没有随征，但他一直在思考南中之战，他看到了此战的关键点，所以想向丞相禀明，或许因为还没有考虑成熟，因而没有马上说出来。他的建议启发了诸葛亮，诸葛亮在行军路上起草颁布了一份军令，作为此次南征的指导文件，这份《南中教》的命令只保留下来一句话：“用兵之道，攻心为上，攻城为下；心战为上，兵战为下。”前半句出自《孙子兵法》，后半句是马谡建议的原话。“心战”的提出进一步发展了《孙子兵法》的“攻心”思想，也正好契合了眼前的这一仗。
后主建兴三年（225）夏天，诸葛亮率军来到泸水。
泸水即今天的金沙江，在它与岷江汇合处有一个地方叫僰道，即今四川省宜宾市，蜀汉大军进驻僰道附近，再往前就是叛军控制的南中了。提到诸葛亮征南中一般会想到孟获，以为孟获就是诸葛亮此次南征的唯一对手，其实当时的叛军有很多，孟获甚至算不上最重要的一支。
南中是个非常大的地理概念，包括今云南、贵州两省的全部以及四川省的西南部、广西壮族自治区的一小部，秦时蜀地只设了益州郡，汉初增设了犍为郡，汉武帝又分设了牂牁郡、越巂郡、益州郡、朱提郡，汉明帝时增设了永昌郡。
当时这几个郡都有叛军，较为集中的地区有三路：
第一路是所谓的“夷王”高定元，他据守在越巂郡，郡治邛都，即今四川省西昌市，他的这个“夷王”是自封的，但他的实力也最大，越巂郡在南中的西北部，北与蜀郡相接，对成都的威胁最大。
第二路是汉昌郡太守雍闿，他的这个太守是孙权任命的，但汉昌郡有吕凯等人死守，他未能进入汉昌郡，而是占据着益州郡，该郡位于南中的中部，郡治在滇池，即今云南省晋宁县，与雍闿合盟的还有益州郡的夷人首领孟获。
第三路是原牂牁郡太守朱褒，他是刘备任命的郡太守，但也参与了叛乱，牂牁郡在南中的东部，今贵州省省会贵阳即在该郡，当时的郡治是且兰，在贵州省黄平县一带，这里是朱褒的大本营。
总的来说，叛军从西到东可以分为越巂郡、益州郡、牂牁郡这三路，主要有高定元、雍闿、孟获、朱褒四支人马，总兵力实在难以统计，他们占据要塞，依托原始山林，易守难攻。
在南中未叛乱前刘备设有庲降都督一职对其进行管理，蜀汉的都督一职权力很大，是刘备称帝后设立的新职务。益州刺史部作为东汉13个州之一，最早时下面设12个郡国。蜀汉立国前后随着机构的不断调整，郡国的数目大为增加，最多时达到了27个。在这种情况下，除益州刺史部外蜀汉还先后设置了庲降都督、江州都督、汉中都督等镇守边境的行政机构，从级别上说与益州相同，下面分别管辖着数目不等的郡国。汉中都督管辖汉中郡以及后来设置的武都郡，江州都督是李严镇守永安后设置的，下面管辖着巴郡以及后来设置的黔安郡、涪陵郡等；庲降都督下面所管理的郡较多，南中地区各郡都在它管辖范围内。
第一任庲降都督邓方已经去世了，李恢是第二任庲降都督，由刘备亲自任命，刘备还命他兼任交州刺史，当然只是遥领，此时交州已成为孙吴的地盘，李恢平时驻扎在平夷县，即今贵州省毕节市，他也被叛军围困，这段时间一直艰难地在南中一带坚持着，直到诸葛亮率大军到来。
诸葛亮对此次南征做了大量的准备工作，根据史书记载，整个南征大军有10万人左右，除去其他地方的守备军，这已经是蜀汉能临时征调的全部机动部队了。
针对叛军的分布情况，诸葛亮在僰道附近也把大军分为三路：第一路由丞相府门下督马忠率领向西进军，直取牂牁郡的且兰，讨伐朱褒，是为东路军；第二路由庲降都督李恢率领由朱提郡向南直取益州郡，讨伐雍闿、孟获，诸葛亮任命原犍为郡太守王士为益州郡太守，协助李恢行动，是为中路军；第三路由安上沿泸水南下讨伐越巂郡的高定元，这一路叛军实力最强，所以诸葛亮亲自率领，同时任命一个叫龚禄的人为越巂郡太守一同行动，是为西路军。